Die folgenden beiden Stiftungen bleiben unter ihrem Namen bestehen und werden von der Lüneburger Bürgerstiftung verwaltet:
1. Hermann-Stoltz-Stiftung (Stiftung)
Die Stiftung stammt aus dem Jahre 1924, 1926.
Sie sollte vorrangig dazu dienen, in der Stadt Lüneburg Wohngebäude zu errichten. Nachrangig soll das Johanneum gefördert werden, „speziell die körperlich-geistige und sittliche Entwicklung der Schüler und der erziehlichen und wissenschaftlichen Arbeit der Schule“.
2. Hermann und Harry-Behrens-Stiftung (Stiftung)
Die Stiftung stammt aus dem Jahr 1942/1943.
Zweck der Stiftung ist es, „begabte Schüler des Johanneums sowohl während ihrer Schulzeit als auch insbesondere während ihres Studiums zu unterstützen und zu fördern“.